Rika, amiga de la infancia de Yuta Okkotsu, murió en un accidente automovilístico. Su espíritu permanece con él, más ya no es la dulce niña que él conocía. Se manifiesta como una entidad monstruosa y poderosa que lo protege ferozmente.

Dificultades, arrepentimiento, vergüenza… Los sentimientos negativos de los humanos se convierten en Maldiciones que nos acechan en nuestra vida diaria. Las Maldiciones campan a sus anchas por todo el mundo, y pueden llevar a las personas a sufrir terribles desgracias e incluso dirigirlas a su muerte. Y lo que es peor: solo una Maldición puede exorcizar otra Maldición.

La historia la protagoniza Kafka Hibino, un hombre de 32 años que quiere unirse a la Fuerza de Defensa y cumplir la promesa que le hizo a una amiga de la infancia, Mina Ashiro. En su trabajo como limpiador de restos de Kaiju forja amistad con un nuevo compañero, Reno Ichikawa, cuya determinación de unirse a la Fuerza de Defensa inspira a Kafka a cumplir su promesa de la infancia de unirse a Mina para proteger a la humanidad. Cuando un pequeño Kaiju se introduce en el interior de Kafka, éste adquiere una fuerza sobrehumana y poderes que le permiten luchar contra los Kaiju. Ahora se esfuerza por ganarse la confianza de sus compañeros humanos, derrotar a unos Kaiju cada vez más poderosos y proteger el mundo.

Corre el año 2019. Un estado policial, políticos tramposos, sectas religiosas, revolucionarios y un proyecto científico secreto se combinan para causar una atmósfera explosiva en Neo-Tokyo. Todos los grupos rivales quieren controlar a Akira, un chico conextraños poderes psíquicos que ha sido mantenido bajo custodia criogénica por más de 30 años. En medio de esta tensa atmósfera, un joven psíquico llamado Tetsuo libera a Akira.

Senku es un joven extremadamente inteligente con un gran don para la ciencia y una ácida personalidad, y su mejor amigo es Taiju, que es muy buena persona pero más apto para usar los músculos que para pensar. Cuando tras cierto incidente toda la humanidad acaba convertida en piedra, ellos logran despertarse en un mundo miles de años después, con la civilización humana completamente desaparecida y con toda la humanidad congelada en piedra como ellos estuvieron. Ahora es su obligación rescatar a la gente y crear un nuevo mundo.