En la época del Imperio Azteca, Yohualli Coatl, un joven azteca, experimenta una tragedia cuando su padre y líder de la aldea, Toltecatzin, es asesinado por los conquistadores españoles. Yohualli escapa a Tenochtitlán para advertir al rey Moctezuma y a su sumo sacerdote, Yoka, del peligro inminente. Usando el templo de Tzinacan, el dios murciélago, como guarida, Yohualli entrena con su mentor y asistente, Acatzin, desarrollando equipo y armamento para enfrentar la invasión española, proteger el templo de Moctezuma y vengar la muerte de su padre.

Leo San Juan, a un año de haber derrotado al espíritu de La Nahuala, se enfrenta ahora a su primera gran misión: liberar a Xochimilco de La Llorona, el espíritu de una mujer que durante cientos de años ha asolado a la comunidad y ha secuestrado a decenas de niños. Con la ayuda de El Alebrije, Don Andrés y los niños Calaca, Leo planea vencerla. Sin embargo, el poder de ella hará que nuestro héroe y sus aliados se separen, enfrentando cada quien por su lado los peligros que aparecen en un Xochimilco embrujado por las lágrimas de La Llorona y las fuerzas obscuras que, desde la antigüedad, acechan detrás de este terrible monstruo.