Ahora que Manny y Ellie van a tener una hija, Manny se asegura de que sea un buen padre, Diego piensa dejar la manada y Sid roba 3 huevos de dinosaurio y luego es capturado por un dinosaurio. La manada entra al mundo subterraneo y van a tener la ayuda de Buck, una comadreja. Mientras tanto, Scrat se enamora de Scratty, una ardilla dientes de sable que tambien se interesa en la bellota.

El descarado James T. Kirk intenta estar a la altura del legado de su padre con el Sr. Spock manteniéndolo a raya mientras un romulano vengativo del futuro crea agujeros negros para destruir la Federación, planeta por planeta.