Megamente es el supervillano más brillante que el mundo haya conocido. Y el que menos éxito tiene. Durante años, ha estado intentando conquistar Metro City por todos los medios posibles. Cada intento constituye un fracaso, por culpa de Metro Man, un héroe invencible hasta que Megamente consigue matarlo...

Cuando descubre que su novia, Clementine, ha hecho que borren de su memoria todos los recuerdos de su tormentosa relación, Joel Barish se pone en contacto con el creador del proceso para que borre a Clementine de su memoria.