Corre el año 2019. Un estado policial, políticos tramposos, sectas religiosas, revolucionarios y un proyecto científico secreto se combinan para causar una atmósfera explosiva en Neo-Tokyo. Todos los grupos rivales quieren controlar a Akira, un chico conextraños poderes psíquicos que ha sido mantenido bajo custodia criogénica por más de 30 años. En medio de esta tensa atmósfera, un joven psíquico llamado Tetsuo libera a Akira.
En el año 2035, el convicto James Cole voluntarios a regañadientes para ser enviado de regreso en el tiempo para descubrir el origen de un virus mortal que aniquiló a casi toda la población de la tierra y obligó a los sobrevivientes a las comunidades subterráneas. Pero cuando Cole es enviado por error a 1990 en lugar de a 1996, es arrestado y encerrado en un hospital psiquiátrico. Allí conoce a la psiquiatra Dra. Kathryn Railly, y al paciente Jeffrey Goines, hijo de un famoso experto en virus, que puede tener la llave del misterioso grupo rebelde, el Ejército de los 12 Monos, que se cree será el responsable de desencadenar la enfermedad mortal.