El 31 de octubre de 1693, durante los juicios por brujería de Salem, Thackery Binx ve a su hermana Emily adentrarse en el bosque dirigiéndose a la cabaña de tres brujas. Allí, las hermanas Sanderson, Winifred, Mary y Sarah, hacen un hechizo en Emily para absorber su juventud y recuperar la suya, matándola en el proceso. Binx confronta a las brujas, quienes lo transforman en un gato negro inmortal, con el fin de que viva con la culpa de no haber podido salvar a Emily.
La victoria del almirante Kirk sobre Khan y la creación del planeta Génesis son triunfos inútiles. Spock ha muerto y McCoy, inexplicablemente, se ha vuelto loco. Una visita de Sarek, el padre de Spock, revela algo sobrecogedor: McCoy está albergando en su cuerpo la esencia vital de Spock. Kirk trata de ayudar a sus amigos, secuestra el Enterprise y desafía la cuarentena impuesta por la Flota Estelar en Génesis. Pero los Klingon también descubren la existencia de Génesis y van al encuentro de Kirk en una cita que podría ser mortal.